I början av 1990-talet funderade professor Lennart Widén vid Karolinska Institutet mycket över vad man skulle kunna göra för att förbättra förutsättningarna för neuroforskning. Staten finansierade mindre än hälften av forskningen med offentliga medel och cancerforskningen hade tio gånger så stora resurser i jämförelse med neuroforskning. Lennart Widén ville därför skapa en fond som samlade in pengar och delade ut anslag och stipendier till hjärnforskning för på så sätt få en jämnare fördelning. Han upplevde även att okunskapen om hjärnan var stor bland allmänheten. Därför ville han informera om hjärnan för öka kunskapen och få fler uppmärksamma på hur många hjärnsjukdomar som finns.
Hjärnfonden har funnits i sin nuvarande form sedan 1994. Före detta finansminister Kjell-Olof Feldt engagerade sig tidigt i Hjärnfonden och var dess ordförande fram till september 2009. Hjärnfonden har haft en positiv utveckling och är idag den enda insamlingsstiftelse som stödjer forskning om alla hjärnans sjukdomar, skador och funktionsnedsättningar.