Hjärnfondens verksamhetsområdet omfattar alla delar av nervsystemet. Området omfattar hela det centrala nervsystemet, vilket utgörs av hjärnan och ryggmärgen samt hela det perifera nervsystemet. Detta utgörs av stora mängder nervceller fördelade i mindre grupper längs ryggraden, i huvudet och i kroppens olika vävnader och organ, liksom alla de nervtrådar som genomsätter all levande vävnad i huvudet och kroppen.
Verksamheten omfattar dels det friska nervsystemet, inklusive dess utveckling och åldrande, dels alla de funktionsnedsättningar, skador och sjukdomar som kan drabba olika delar av nervsystemet.
Den forskning som Hjärnfonden stödjer är inte begränsad till undersökningar av människa, utan omfattar alla typer av levande organismer och komponenter. Forskningen handlar även om hur omgivningen, droger, läkemedel, föroreningar, fysisk och psykisk stress mm, påverkar nervsystemet och därmed individen.